결손금 소급공제를 취소하고 이월결손금으로 공제받을 수 있는지 여부

결손금 소급공제를 받지 아니한 것으로 수정신고하고 이후 사업연도에 이월결손금으로 공제가능함

[회신] 귀 서면질의의 경우, ｢결손금 소급공제를 취소하고 이월결손금으로 공제받을 수 있는지 여부｣에 대해서는 기존 해석사례(기획재정부 법인세제과-615, 2025.12.8.)를 참조하시기 바랍니다. ○ 기획재정부 법인세제과-615, 2025.12.08. ｢법인세법｣ 제72조 또는 ｢조세특례제한법｣ 제8조의4에 따라 결손금 소급공제를 적용받은 중소기업인 내국법인은 ｢국세기본법｣ 제45조제1항에 따라 해당 결손금을 소급공제 받지 아니한 것으로 수정신고하고 ｢법인세법｣ 제13조 및 제14조에 따라 그 결손금이 발생한 사업연도 이후 사업연도의 과세표준을 계산할 때 이월결손금 공제를 받을 수 있는 것입니다. 끝. 1. 사실관계 ○ 질의법인은’02.10.11.에 설립되어 토목건축 공사업을 영위하는 법인으로 -’21 사업연도에 발생한 결손금에 대해 소급공제를 신청하여’19 및’20 사업연도의 법인세를 각각 환급받음 ○ 질의법인은’21 사업연도에 발생한 결손금에 대해 소급공제를 취소하고’22 사업연도의 소득금액에서 이월결손금으로 공제받고자 함 2. 질의내용 ○’21 사업연도에 발생한 결손금에 대한 소급공제를 취소하고’22 사업연도의 소득금액에서 이월결손금으로 공제할 수 있는지 여부 3. 관련법령 ○ 국세기본법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 14. "과세표준"(課稅標準)이란 세법에 따라 직접적으로 세액산출의 기초가 되는 과세대상의 수량 또는 가액(價額)을 말한다. 15. "과세표준신고서"란 국세의 과세표준과 국세의 납부 또는 환급에 필요한 사항을 적은 신고서를 말한다. 15의2. "과세표준수정신고서"란 당초에 제출한 과세표준신고서의 기재사항을 수정하는 신고서를 말한다. 16. "법정신고기한"이란 세법에 따라 과세표준신고서를 제출할 기한을 말한다. ○ 국세기본법 제45조 【수정신고】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자( 「소득세법」 제73조제1항제1호 부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다) 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다. 1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때 2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때 3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다) ○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다. <개정 2010.12.27, 2014.12.23, 2019.12.31> 1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때 2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 ○ 국세기본법 제47조의3 【과소신고ㆍ초과환급신고가산세】 ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 제9조 에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 「농어촌특별세법」에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 "과소신고납부세액등"이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다 1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액 가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액 나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액 2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 (이하 생략) ○ 국세기본법 제47조의4 【납부지연가산세】 ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세( 「인지세법」 제8조제1항 에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 "과소납부"라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 "초과환급"이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. 1. 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 법정납부기한의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 2. 초과환급받은 세액(세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자상당가산액이 있는 경우에는 그 금액을 더한다) × 환급받은 날의 다음 날부터 납부일까지의 기간(납부고지일부터 납부고지서에 따른 납부기한까지의 기간은 제외한다) × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율 (이하 생략) ○ 국세기본법 시행령 제27조의4 (납부지연가산세 및 원천징수 등 납부지연가산세의 이자율) 법 제47조의4제1항제1호ㆍ제2호 및 제47조의5제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 이자율"이란 1일 10만분의 22의 율을 말한다. ○ 법인세법 제72조 【중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급】 ① 중소기업에 해당하는 내국법인은 각 사업연도에 결손금이 발생한 경우 대통령령으로 정하는 직전 사업연도의 법인세액(이하 이 조에서 "직전 사업연도의 법인세액"이라 한다)을 한도로 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액을 환급 신청할 수 있다. <개정 2018.12.24> 1. 직전 사업연도의 법인세 산출세액(제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세액은 제외한다) 2. 직전 사업연도의 과세표준에서 소급공제를 받으려는 해당 사업연도의 결손금 상당액을 차감한 금액에 직전 사업연도의 제55조제1항에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액 ② 제1항에 따라 법인세액을 환급받으려는 내국법인은 제60조에 따른 신고기한까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신청하여야 한다. ③ 납세지 관할 세무서장은 제2항에 따른 신청을 받으면 지체 없이 환급세액을 결정하여 「국세기본법」 제51조 [국세환급금의 충당과 환급] 및 제52조[국세환급가산금]에 따라 환급하여야 한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정은 해당 내국법인이 제60조에 따른 신고기한 내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에만 적용한다. ⑤ 납세지 관할 세무서장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우에는 환급세액(제1호 및 제2호의 경우에는 과다하게 환급한 세액 상당액)에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 해당 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다. 1. 제3항에 따라 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세 과세표준과 세액을 제66조에 따라 경정함으로써 결손금이 감소된 경우 2. 결손금이 발생한 사업연도의 직전 사업연도에 대한 법인세 과세표준과 세액을 제66조에 따라 경정함으로써 환급세액이 감소된 경우 3. 중소기업에 해당하지 아니하는 내국법인이 법인세를 환급받은 경우 ⑥ 납세지 관할 세무서장은 제3항에 따른 환급세액(이하 이 항에서 "당초 환급세액"이라 한다)을 결정한 후 당초 환급세액 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급세액을 경정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액 상당액을 징수하여야 한다. <신설 2018.12.24> ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 결손금 소급공제에 따른 환급세액의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 법인세법시행령 제110조 【결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산】 ① 법 제72조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 직전 사업연도의 법인세액"이란 직전 사업연도의 법인세 산출세액(법 제55조의2에 따른 토지등양도소득에 대한 법인세를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에서 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제 또는 감면된 법인세액(이하 "감면세액"이라 한다)을 차감한 금액(이하 이 조에서 "직전 사업연도의 법인세액"이라 한다)을 말한다. <개정 2001.12.31, 2009.2.4, 2011.6.3., 2019.2.12> ② 법 제72조제2항에 따라 환급을 받으려는 법인은 법 제60조에 따른 신고기한 내에 기획재정부령으로 정하는 소급공제법인세액환급신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. <개정 2004.3.17, 2008.2.29., 2019.2.12> ③ 법 제72조제5항의 규정에 의하여 결손금이 감소됨에 따라 징수하는 법인세액의 계산은 다음 산식에 의한다. 다만, 법 제14조제2항의 결손금 중 그 일부 금액만을 소급공제받은 경우에는 소급공제받지 아니한 결손금이 먼저 감소된 것으로 본다. <개정 2019.2.12.> ④ 법 제72조제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 1. 법 제72조제5항에 따른 환급세액 2. 당초 환급세액의 통지일의 다음날부터 법 제72조제5항에 따라 징수하는 법인세액의 고지일까지의 기간에 대하여 1일 10만분의 22의 율. 다만, 납세자가 법인세액을 과다하게 환급받은 데 정당한 사유가 있는 때에는 「국세기본법 시행령」 제43조의3제2항 본문에 따른 이자율을 적용한다. ○ 조세특례제한법 제8조의4 【중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급 특례】 중소기업에 해당하는 내국인은 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도에 「소득세법」 제19조제2항 및 「법인세법」 제14조제2항 에 따른 결손금이 발생한 경우 「소득세법」 제85조의2 및 「법인세법」 제72조 에도 불구하고 직전 2개 과세연도의 소득(거주자의 경우에는 해당 중소기업의 사업소득에 한정한다)에 대하여 부과된 소득세액 또는 법인세액을 한도로 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청 할 수 있다.